Бухгалтерия вуза права.
См. абзац 3 пункта 19 Приказа Минобрнауки России от 27.12.2016 N 1663 (ред. от 02.04.2018) "Об утверждении Порядка назначения государственной академической стипендии и (или) государственной социальной стипендии:
"Студентам, относящимся к категории лиц, получивших государственную социальную помощь, государственная социальная стипендия назначается распорядительным актом руководителя Организации со дня представления в Организацию документа, подтверждающего назначение государственной социальной помощи, на один год со дня назначения указанной государственной социальной помощи".
То есть ваша дочь будет получать социальную стипендию с 3 сентября 2020 года до июля 2021 года.