С чего выплачивать, когда всё выплачено, только налог неверно исчислен? Я бы заплатила 182 рубля и заполнила расчет как положено. Максимум оштрафуют 36 рублей и копеечные пени заплатите, не те суммы, чтобы переживать, и не те, чтобы придирались к Вам. И, что бы ни говорили о том, что НДФЛ нельзя платить из средств организации, но, например, на уплату налога заранее (не на год вперед, конечно
) налоговики смотрят сквозь пальцы.
Или Вы хотите в расчете поставить ту, первую выплату за минусом 1400, а эти 1400 под дату уплаты 182х рублей подтянуть? А в 2-ндфл начисление так и останется реальным периодом? Тогда вопрос, почему не полностью выплачены отпускные как положено за 3 дня до отпуска.
А вообще программа могла и правильно всё сделать, тут даты важны. Если, например:
Отпуск с 04.03.19, тогда выплата отпускных д.б. 28.02.19. Отпускные уже начислением марта идут, к ним применен вычет 1400 за март. Если сотрудник выйдет в конце марта на работу и за остаток марта ему будет начисляться зп, программа уже не применит вычет. А к зп за февраль (которая для расчета мартовского отпуска уже должна быть начислена, особенно если Вы выплачиваете её вместе с отпускными, а не по сроку) программа применила вычет за февраль. Вот и получится на первый взгляд задвоенный вычет, а на деле всё верно.