Потому что НДФЛ удержан у работника, это не деньги организации, организация только агент. В этом году вроде собирались принять или приняли (не помню, не отследила) изменения, но т к.тне отследила, то точно не скажу.
В письме ФНС России от 06.02.2017 N ГД-4-8/2085@ ведомство говорит о возможности зачета даже перечисленной в бюджет суммы, превышающей сумму фактически удержанного из доходов физических лиц НДФЛ, которая не является уплатой НДФЛ (т.к. средства налогового агента).
Из постановления АС Московского округа от 20.07.2017 N Ф05-8390/17 по делу N А40-167366/2016 (определением от 21.12.2017 N 305-КГ17-15396 ВС РФ налоговому органу отказано в передаче кассационной жалобы для рассмотрения СК по экономическим спорам ВС РФ) можно сделать вывод, что налог, уплачиваемый налоговым агентом досрочно, но впоследствии удержанный у налогоплательщиков, не является уплатой "за счет налогового агента".
Сказанное подтверждается и Минфином России в письме от 22.01.2018 N 03-02-07/1/3224, где указано, что зачет ошибочно перечисленных сумм по реквизитам уплаты НДФЛ может быть осуществлен в счет предстоящих платежей по этому налогу.
Зачет суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей налогоплательщика по этому или иным налогам осуществляется на основании заявления налогоплательщика по решению налогового органа (п. 4 ст. 78 НК РФ, Энциклопедия решений. Зачет (возврат) излишне уплаченных сумм налога по заявлению налогоплательщика). Положения указанной статьи распространяются на налоговых агентов (п. 2 ст. 24, п. 14, п. 17 ст. 78 НК РФ).