Внесу немного ясности :-) а то путаница пошла.
Там (на сайте ПФ) есть две справки: о состоянии индивидуального лицевого счета и о пенсионном стаже.
В моем случае именно стаж за два года пропал (ну и отчислений за это время тоже нет, потому что я как бы не работала в это время по их данным, даты в двух справках друг друга дублируют). Я сейчас восстанавливаю стаж именно. Он присутствует в трудовой, бухгалтер организации утверждает, что данные подавались.
Про ситуации, когда стаж есть, а отчислений в это время нет, ничего не знаю.