Во-первых, существование в русском языке специальной буквы не отменяет существования слога -йо-. С этим слогом исторически пишется куча слов: йог, йод, йорк, койот, "Тойота" и иже с ними. У каждого из этих примеров - своя история. Выбор в написании -ё- или -йо- связан со многими факторами, в частности с этимологией слова: его написанием в языке-источнике и, возможно, временем прихода в русский язык. Слово йогурт во всех иностранных языках пишется с сочетанием jo. К тому же слово пришло в русский не так давно, возможно, через пару сотен лет опростится (или Академия наук примет очередной тупой закон об отмене слога -йо- в русском языке
) и будет верным написание через ё.
А вообще в нашем замечательном языке много сложнообъяснимых вещей...